Dưới đây là phân tích hệ số lây nhiễm theo ngày tại một số tỉnh và toàn quốc. Sau đó nó được dùng để dự báo dịch ở Việt Nam.
Mục lục
Bài 1: Phương pháp đánh giá dịch bệnh, từ đó đưa ra các quyết định trong phòng chống dịch bệnh
Bài 2: Một phương pháp dự báo dịch bệnh
Vận hành trang web cập nhật RT và các chỉ số khác từ 21/09 tại onyx.vn/covid19/
Phụ lục: Cập nhật hệ số lây nhiễm và dự báo cho Việt Nam, một số tỉnh, và thành phố hàng tuần
- Vận hành trang web cập nhật RT và các chỉ số khác từ 21/09 tại onyx.vn/covid19/
Cập nhật hệ số lây nhiễm và dự báo cho Việt Nam, một số tỉnh, và thành phố hàng tuần
Phương pháp tính hệ số lây nhiễm thực và ý nghĩa của nó đã được trình bày trong bài viết trước. Chúng tôi nhắc lại bảng sau về ý nghĩa của ước lượng của hệ số lây nhiễm thực. (Trong đồ thị, đường màu xanh lá cây là RT. Nó mô tả được đầy đủ các tính chất địa phương. Đường màu đỏ làm trơn đường màu xanh lá cây, nhằm biểu thị xu hướng toàn cục của RT. Để phân tích, ta cần quan sát cả hai đường vì chúng bổ sung thông tin cho nhau. Ngoài ra ta cũng phải quan sát số ca theo ngày vì số ca vượt khả năng truy vết thì tình hình sẽ xấu đi nhanh chóng).
|
RT(t) |
Ý nghĩa |
|
RT(t) xấp xỉ R0 |
Ta không can thiệp gì |
|
R0 > RT(t) > 1 nhưng RT(t) không có xu hướng giảm dần xuống dưới 1 rõ rệt |
Ta dập dịch chưa đủ tốt |
|
R0 > RT(t) > 1 và RT(t) có xu hướng giảm dần xuống dưới 1 rõ rệt trong nhiều ngày |
Công tác dập dịch tiến triển tốt |
|
1 > RT(t) |
Ta dập dịch thành công nếu tiếp tục duy trì đến khi không còn ca bệnh nào |
http://onyx.vn/covid/CovidVietnam.Report.21903.pdf
http://onyx.vn/covid/CovidVietnam.Report.21907.pdf
Đánh giá tình hình COVID-19 tại Hà Nội (HN), cập nhật Rt cho các tỉnh
Câu hỏi chính đặt ra là HN có kiểm soát được dịch không? Khi nào HN mới dập được dịch? Chúng tôi cũng cập nhật Rt cho các tỉnh. Kể từ tháng tới, chúng tôi cập nhật Rt hàng ngày cho các tỉnh.
Quan sát: Trái với dự báo xu thế đi xuống của Rt HN vào 2 tuần trước, Rt HN đã tăng suốt từ 12/08 đến nay và vượt qua 1. Để phân tích sâu hơn, chúng tôi tính Rt cho các quận. Phân tích theo các quận sẽ xấp xỉ việc phân tích theo ổ dịch (Chúng tôi không có thông tin về các ổ dịch). Dữ liệu được lấy từ CDC Hà Nội [1]. Kết quả trong các Hình 1, Hình 1a, và Hình 2.
Phân tích: Hiện tượng Rt HN tăng được gây ra bởi 3 nguyên nhân. Thứ nhất, khi HN bắt đầu xét nghiệm diện rộng từ 10/08, thì số mẫu sẽ lấy nhiều hơn trước, và làm cho Rt bị ước lượng thừa (over-estimate) [2]. Thứ 2, HN tránh được SLN do đi chợ trước phong tỏa, nhưng lại bị SLN do giấy phép đi đường khiến số ca tăng vào 17-20/8 (sẽ nói rõ hơn ở dưới). Thứ ba, ngày 23/08, HN phát hiện ra một ổ dịch mới [3]. Nguyên nhân này quan trọng nhất. Nếu không phát hiện thêm ổ dịch mới thì Rt đã sớm quay lại quỹ đạo cũ trước 10/8. Trong các quận, chỉ Rt cho Thanh Xuân là trên 1 và tiếp tục đi lên.
Hình 1: Các quận / huyện đang nóng, đầy đủ dữ liệu từ đầu đợt dịch
Chúng tôi có giả thiết rằng vụ ùn ứ do giấy đi đường ở HN ngày 9/8 khiến các quận Ba Đình, Đống Đa, Thạch Thất, Hà Đông, Hoàng Mai đều xuất hiện thêm các ổ dịch mới từ sau sự kiện đó [4]. Bằng chứng là số ca tăng vọt khoảng 8-10 ngày sau ở các quận trên (loanh quanh 17-20/08).
Ổ dịch mới tại Thanh Xuân khá nghiêm trọng. HN phát hiện ra ổ dịch Thanh Xuân khá lớn dù thực thi Ct16, chứng tỏ một số khu dân cư vẫn có Rt địa phương khá cao.
Với câu hỏi chính thứ nhất, HN chưa kiểm soát được dịch. HN kiểm soát được hay không phụ thuộc vào có kiểm soát được ổ dịch ở Thanh Xuân hay không. Rt của HN và Thanh Xuân trên 1.
Bây giờ chúng ta bàn về câu hỏi chính thứ hai. Vấn đề đặt ra hiện nay là HN không có điều kiện để tầm soát toàn thành phố, do đó ổ Thanh Xuân mới được phát hiện do người bệnh đi khám [5]. Như chúng tôi đã phân tích ở Phần 1, để đến khi người bệnh đi khám thì ổ dịch có thể đã khá to. Phó Giám đốc CDC Hà Nội Khổng Minh Tuấn nói "Thanh Xuân Trung vừa qua không nằm trong khu vực nguy cơ, không thuộc diện lấy mẫu xét nghiệm diện rộng vì không có yếu tố liên quan đến dịch bệnh. Nó khó ở chỗ đó" [6].
Chúng tôi không có câu trả lời đầy đủ cho câu hỏi thứ hai do sự lây lan mạnh của chủng Delta. Chúng tôi cố gắng trả lời cụ thể nhất có thể. Do không thể xét nghiệm toàn HN, chúng ta quay lại bài toán phát hiện ổ trong Phần 1. Trong phần 1, nhắc lại là, với chủng Delta, khi xã hội bình thường (R0=5), nếu giả thiết xác suất phát hiện 1 ca bệnh là p = 10%, và thời gian được phát hiện không quá t = 7 ngày, thì ta phát hiện ra ổ với xác suất 95% trong vòng 15 ngày (khi ổ đã có 156 - 781 ca bệnh). Vậy nhiệm vụ đặt ra là phải tăng p lên và giảm t xuống khi không thể xét nghiệm toàn dân. Khi áp Ct16 thì Rt còn xuống thấp dưới 1 thay vì 5, khiến tiêu chuẩn 15 ngày trên không còn đúng nữa. Tiêu chuẩn 15 ngày chỉ đúng với Rt = 5, như có thể đã xảy ra ở Thanh Xuân khi Rt Thanh Xuân không hề thấp với Ct16.
Vậy nếu trong vòng 15 ngày liên tiếp, HN không phát hiện thêm ca nào ngoài cộng đồng (tức là không phát hiện ổ dịch mới) thì HN đã rất thành công. Còn để đảm bảo HN đã dập được dịch, thì chúng ta phải không quan sát thấy ca nào ít nhất 14 ngày. Tình hình ở Bắc Ninh và Bắc Giang cho thấy điều này là khó nếu như các địa phương xung quanh vẫn còn dịch. Chúng tôi sẽ viết một bài mới đi sâu hơn về vấn đề này (các ca không triệu chứng, không xét nghiệm hết, độ trễ phát hiện do ủ bệnh và xét nghiệm .v.v.). Cái khó ở đây là, khi thực thi Ct16, Rt bị xuống thấp, dịch có thể bị dập tắt, nhưng có thể duy trì với số lượng rất nhỏ. Khi mở cửa trở lại, Rt tăng, và dịch lại bùng lên khi có cơ hội siêu lây nhiễm.
Cho phần kết, chúng tôi có ba khuyến nghị:
Khuyến nghị 1: Tiếp tục duy trì kiểm soát tốt các ổ dịch tại Thanh Xuân, Hoàng Mai, Thanh Trì, Nam Từ Liêm, Thạch Thất, và Ba Đình, Đặc biệt là ổ dịch ở Thanh Xuân.
Khuyến nghị 2: Khi không thể xét nghiệm toàn dân thì cần xét nghiệm nhóm nguy cơ cao (để tăng p và giảm t). Tất nhiên càng xét nghiệm nhiều thì càng phát hiện sớm, nhưng chi phí cũng càng cao. Cân bằng giữa chi phí xét nghiệm, chi phí vắc-xin, chi phí phong tỏa, và năng lực xét nghiệm, là một bài toán chúng ta cần tính kĩ hơn sau. Ngoài chi phí thì về mặt khả thi, vắc-xin khó mua, còn kít xét nghiệm dễ mua hơn. Trước mắt, chúng ta cần đẩy mạnh truyền thông, kêu gọi người dân đi khám nếu có các biểu hiện ho sốt. Vì ho sốt quá chung chung nên e là người dân không hiểu, do đó chúng ta cần tuyên truyền cụ thể hơn các triệu chứng để người dân có thể hiểu rõ nguy cơ và nâng cao ý thức. Chúng ta phải đến hỏi người dân xem vì sao họ không đi xét nghiệm dù miễn phí. Như khi tôi hỏi, bạn tôi trả lời rằng vì hút thuốc nên ngày nào chả ho, chả nhẽ đi xét nghiệm hàng ngày. Truyền thông cần tích cực, rõ ràng, cụ thể, và dễ hiểu hơn nữa. Đầu tiên là các tổ cộng đồng ý thức rõ, sau đó là người dân. Chúng tôi không phải chuyên gia lĩnh vực nhóm người có triệu chứng đặc hiệu. Ví dụ PGS. Nguyễn Tiến Huy ở Nhật, hơn 1 năm qua, đã giới thiệu nhóm triệu chứng đặc hiệu sau [7]:
(1) Sốt 4 ngày, loại trừ cúm (có test nhanh), viêm họng (BS chẩn đoán khá dễ)
(2) Sốt 2 ngày kèm có bệnh nền hay >65 tuổi
(3) Viêm phổi bất kể có nguyên nhân hay không
(4) Sốt hay ho và một người khác trong gia đình, người thân, đồng nghiệp, những người có tiếp xúc gần trong thời gian 11 ngày cùng biểu hiện sốt ho.
(5) Sốt 2 ngày trong nhóm người làm việc có nguy cơ cao như: hải quan, bán hàng, tài xế, nhân viên y tế, du lịch, shipper.
Khuyến nghị 3: Phong tỏa lâu quá là bất khả thi. Về lâu dài, xem xét hạ xuống ct15 với các quận không có ca nào ngoài cộng đồng trong 15 ngày (không có ổ mới trong 15 ngày). Điều kiện là tuyên truyền người dân đi xét nghiệm khi có triệu chứng đặc hiệu như trên. Như ở Đan Phượng, triệu chứng rõ ràng 18/8, nhưng 30/8 mới phát hiện ra [8]. Hay như ổ Thanh Xuân, nhiều F0 có triệu chứng từ trước nhưng mãi mới phát hiện ra ổ.
Hình 1a: Hà Nội và các điểm nóng trong 2 tuần.
Hình 2: Các quận khác tại Hà Nội
Tham khảo:
[1] http://hanoicdc.gov.vn/1340n/cap-nhat-tinh-hinh-dich-benh-covid19-tai-thanh-pho-ha-noi.html
[2] http://baochinhphu.vn/Hoat-dong-dia-phuong/Ha-Noi-se-lay-mau-xet-nghiem-cho-300000-nguoi-tu-10178/441788.vgp
[3] https://ncov.moh.gov.vn/vi/web/guest/-/6847426-6948
[4] https://vov.vn/xa-hoi/tin-24h/xyz-881052.vov
[5] https://ncov.moh.gov.vn/vi/web/guest/-/6847426-6948
[7] https://www.facebook.com/nguyentien.huy.319
[8] https://thanhnien.vn/thoi-su/ha-noi-khan-cap-phong-toa-xa-tan-lap-o-hdan-phuong-vi-xuat-hien-ca-covid-19-1441218.html
Dưới đây là Rt cho các tỉnh ngày 29/08/2021.
Cập nhật 15/08/2021
Trong bài viết về Sóng siêu lây nhiễm, chúng tôi định nghĩa đỉnh dịch là khi đường RT màu đỏ đi từ trên 1 xuống dưới 1. Tin xấu là Việt Nam (VN) đang hướng tới đỉnh dịch thứ hai được tạo ra bởi Bình Dương (BD), Đồng Nai (DN), và Long An (LA). Đỉnh dịch lần hai còn cao hơn đỉnh dịch lần thứ nhất được tạo ra bởi Thành phố Hồ Chí Minh (TP HCM). Một cách trực quan, nó giống hai hình chuông đặt cạnh nhau với hình thứ hai cao hơn hình thứ nhất. Tin tốt là chúng ta hoàn toàn có thể dập chủng Delta nếu như chúng ta tập trung nguồn lực hữu hạn hiện nay đúng chỗ. Chúng tôi sẽ dự báo VN, Hà Nội và các điểm nóng như TP HCM, BD, DN, và LA. Các tỉnh Cần Thơ và Tiền Giang cũng đáng lưu ý nhưng ít nguy cấp hơn.
Trước khi đi vào phân tích và dự báo, chúng tôi xin nhắc lại các sự kiện chính:
- Chỉ thị 16 (Ct16) bắt đầu ở TP HCM hôm 09/07 (5 tuần rưỡi trước đây) khi TP HCM đã có khoảng 1000 ca/ngày.
- Ct16 ở BD, DN, và LA bắt đầu hôm 20/7 (sau TP HCM một tuần rưỡi) khi các tỉnh đã có lần lượt khoảng 600, 150, 46 ca/ngày.
Khi ước lượng RT, chúng tôi quan sát thấy:
1. Tốc độ RT về 1 (dịch đạt đỉnh) kể từ khi áp Ct16:
- TP HCM đi đúng hướng và nỗ lực, nên RT,HCM về 1 rất ấn tượng trong chưa đầy 3 tuần (19 ngày).
- LA hành động nhanh khi số ca thấp nên RT,LA về 1 cũng ngoạn mục trong 3 tuần.
- RT cho BD và DN có giảm nhưng có hiện tượng đi ngang khi về cỡ 1.2 dù hai tỉnh đã trải qua 4 tuần thực hiện Ct16
2. Tốc độ RT đi xuống sau khi đã về dưới 1:
- RT,HCM đi xuống rất chậm và đã 2 tuần rưỡi loanh quanh thậm chí quay lại mức 1. Thường điều này chỉ mất tối đa 2 tuần.
Để có dự báo chính xác, chúng ta cần tìm hiểu nguyên nhân các hiện tượng trên.
- Giải thích RT,DN về 1 chậm: Mục đích của Ct16 là giảm sự gặp gỡ giữa người dân và sàng lọc F0. Ct16 không phải là tất cả, mà nó phụ thuộc vào năng lực truy vết xét nghiệm và mức độ thực thi nó (điều này phụ thuộc điều kiện kinh tế, chính quyền và/hoặc người dân). Đã có nhiều nghiên cứu về mối liên hệ giữa Google mobility và RT 1,2. Để đo đạc mức độ thực thi Ct16, chúng tôi xét trung bình của 4 đại lượng xu hướng dịch chuyển (XHDC) sau trong Google mobility: điểm bán lẻ và giải trí, siêu thị và hiệu thuốc, nơi làm việc, và bến xe – nhà ga. Chúng tôi chưa sử dụng mô hình, tuy nhiên chúng tôi có quan sát thấy XHDC trung bình phải xuống khoảng 20 – 25 % so với di chuyển ngày thường thì RT mới giảm được về 1 ở các tỉnh miền Nam. Ta thấy các XHDC ở DN giảm tuyến tính chứ không giảm nhanh đột ngột như BD và LA (Hình 1). XHDC ở DN về mức 25% hôm 02/08, chậm hơn 5 – 7 ngày so với BD và LA. XHDC ở LA hiện mới về mức 27%, nhưng LA có lợi thế với số ca nhỏ lúc bắt đầu Ct16. Chúng tôi cho rằng RT,DN sẽ xuống 1 chậm hơn LA ít nhất 1 tuần.
Hình 1. Xu hướng dịch chuyển ở DN
- RT,BD về 1 chậm: Chúng tôi chưa chắc chắn về nguyên nhân của hiện tượng này. Chúng tôi có một giả thiết rằng do dân số BD khá đông, XHDC ở BD không thấp lắm trước khi BD thực hiện Ct16, và cuối cùng nó mới về mức 24% hiện nay. Chúng tôi kiến nghị BD cố gắng hạ thấp XHDC hơn nữa về mức 20% như TP HCM. XHDC ở Delhi - Ấn Độ thậm chí về mức 18% trong 4 ngày.
- Về RT,HCM đi ngang lâu: Chúng tôi chưa chắc chắn về nguyên nhân của hiện tượng này. Chúng tôi có một giả thiết rằng TP HCM đã tập trung nguồn lực vào cứu F0, nên số ca tăng trở lại. Dẫn chứng là số ca ngoài cộng đồng tại TP HCM tăng gần đây (Hình 2). Thứ nhất, chúng tôi cho rằng giảm số ca hàng ngày là nguyên nhân chính giúp giảm gánh nặng y tế. Thứ hai, quan sát các nơi như Delhi, Ấn Độ, chúng tôi nhận thấy chủng Delta làm số ca tăng cao nhưng giảm cũng nhanh so với chủng khác (đỉnh nhọn). Từ đó chúng tôi mong TP HCM tiếp tục tập trung nguồn lực (vốn hữu hạn) vào truy vết và xét nghiệm.
Hình 2: Số ca ngoài cộng đồng tại HCM tăng gần đây
Chúng tôi xem xét Delhi, Ấn Độ như cách học lịch sử. Họ phong tỏa vào ngày 23/03, và XHDC của họ xuống mức 18% chỉ trong 4 ngày (Hình 3). Họ gần như đóng mọi thứ ngay lập tức, rồi mới nâng dần hoạt động lên. Kể cả khi nâng dần từ 18% lên, họ vẫn duy trì mức 20% trở xuống cho tới khi RT về dưới 1 thì nới lỏng hơn 20%. Siêu thị và hiệu thuốc là cần thiết nhất mà chỉ hoạt động ở mức rất thấp trong 2 tuần đầu, rồi mới nâng dần lên. Điểm bán lẻ và giải trí gần như đóng hoàn toàn.
Do không chắc chắn về chiến lược của các tỉnh và các chính sách được thay đổi sau 2 tuần nữa, chúng tôi chỉ đưa ra dự báo cho 2 tuần tiếp theo. Xin nhắc lại là chúng tôi kiến nghị các tỉnh áp dụng Ct16 + và làm chặt hơn nữa vì chúng ta vẫn có cơ hội để đẩy lui Delta. Việc giảm XHDC thêm 5% nữa là khó. Chúng tôi hi vọng các tỉnh sẽ nỗ lực thực hiện được điều này cùng với duy trì nguồn lực cho truy vết, xét nghiệm, khoanh vùng.
Chú thích: Chúng tôi điều chỉnh cách tính RT nhằm loại bỏ chu kỳ 7 ngày và khử bớt nhiễu, do đó đường RT xanh lá cây trơn hơn trước 3.
Hình 3. Xu hướng dịch chuyển ở Delhi, Ấn Độ.
Hình 4. Dự báo 2 tuần cho VN và một số tỉnh/thành phố.
Hình 5. Đánh giá tình hình VN và các tỉnh/thành phố.
Tài liệu tham khảo:
1. Nouvellet, P. et al. Reduction in mobility and COVID-19 transmission. Nat. Commun. 12, 1090 (2021).
2. Arenas, A. et al. Derivation of the effective reproduction number ℛ for COVID-19 in relation to mobility restrictions and confinement. medRxiv 2020.04.06.20054320 (2020). doi:10.1101/2020.04.06.20054320
3. Koch, R. Erläuterung der Schätzung der zeitlich variierenden Reproduktionszahl R.
Cập nhật 25/07/2021
Ngay từ khi dịch COVID-19 mới xảy ra, đã có câu nói “Số ca mắc mới giảm 14 ngày liên tiếp thì ta mới kiểm soát được dịch”. Do khoảng thời gian nối tiếp không thay đổi mấy, câu nói đó vẫn đúng bây giờ. Áp dụng cho RT thì câu đó gần với “RT < 1 trong 14 ngày liên tiếp thì ta mới bắt đầu kiểm soát được dịch bệnh”.
Hiệu chỉnh dữ liệu: Báo Tuổi Trẻ có thông tin ngày 20/07 rằng dữ liệu ở Long An bị lên cơ sở dữ liệu chậm (Mọi ngày được đề cập trong bài viết là cho năm 2021.) Theo Bộ Y Tế, chúng tôi chia đều 1.288 ca ngày 24/07 của Long An ra 9 ngày từ 14-22/7. Điều này khiến cho dữ liệu của Việt Nam (VN) cũng được hiệu chỉnh tương tự (Ngày 24/07, từ 9.225 ca xuống 7.937.) Hôm nay dữ liệu cho Long An là 0 ca, nên chúng tôi tạm thời hiệu chỉnh tăng 700 ca cho Long An và VN ngày hôm nay (25/07).
Phân tích:
1. Nhìn tổng thể thì dữ liệu các ngày 19-22/07 đi theo quỹ đạo lạc quan, nhưng dữ liệu các ngày 23-25/07 lại vượt lên quỹ đạo xấu được đề cập hôm 18/07. Tuy nhiên RT có xu hướng đi xuống cho VN và TP Hồ Chí Minh (HCM). Hà Nội, Bà Rịa – Vũng Tàu, Bình Dương, Đồng Nai, TP HCM, Long An, Tây Ninh, Tiền Giang có nguy cơ rất cao (số ca trong ngày lớn và RT > 1 nhiều ngày). Vĩnh Phúc, Bình Định, Ninh Thuận, Quảng Ngãi và Trà Vinh có nguy cơ thấp hơn nhưng cần để ý sát.
2. Cho dữ liệu VN, số ca ngày 18/07 cao bất thường. Có thể có nhiều lý do ở đây như số xét nghiệm bị dồn vào một ngày, hay dân tụ tập đông vào một dịp, .v.v. Chúng tôi đưa ra một giả thiết với dẫn chứng. Nhìn vào đồ thị 14 ngày trong Hình 3 thì sự tăng số ca này là do TP HCM. Chúng tôi giả thiết rằng sự tăng số ca được gây ra bởi người dân tụ tập mua hàng tích trữ ngay trước khi TP HCM thực hiện chỉ thị 16 vào 0h ngày 09/07. Giả thiết này được củng cố bằng ba dẫn chứng. Thứ nhất, Google Mobility chỉ ra số người đi siêu thị và hiệu thuốc tăng đột biến đúng ngày 08/07 ở TP HCM (Điều tương tự xảy ra ở Đồng Nai và Long An).
Hình 0a. Google mobility - Siêu thị và hiệu thuốc cho TP HCM, Đồng Nai, và Long An
Thứ hai, các RT cho VN và TP HCM tăng vào ngày 13-14/07, tức là 5-6 ngày sau ngày sau 08/07. Ta biết rằng RT,phát bệnh (được tính cho thời điểm phát bệnh) chậm hơn khoảng 4-5 ngày so với RT,nhiễm bệnh (được tính cho thời điểm mắc bệnh) do thời gian ủ bệnh trung bình là 4-5 ngày. RT,phát hiện (được tính cho thời điểm phát hiện ca bệnh) là cái ta tính và nó thường trễ hơn RT,phát bệnh. RT,phát hiện được tính bằng cách lấy dữ liệu 4 ngày tương lai, nên dù đa số các ca mắc bệnh ngày 08/07 được phát hiện muộn vào 18/07, RT,phát hiện vào ngày 14/07 vẫn thể hiện được điều này. Thứ 3, TP HCM tiếp tục có các đỉnh vào ngày 22-24/07, tức là 4-6 ngày sau ngày 18/07. Nguyên nhân là do khoảng thời gian nối tiếp trung bình T là khoảng 4 ngày, cộng thêm một số ngày để xét nghiệm ra. Cứ sau khoảng 4 ngày ta có thể quan sát thấy hiệu ứng này, nhưng càng ngày càng yếu và loãng dần nên khó nhìn ra.
3. Điều cuối cùng chúng ta cần giải thích là vì sao số ca được phát hiện đi theo quỹ đạo lạc quan vào 4 ngày 19-22/07, nhưng lại tệ hơn kịch bản xấu vào 3 ngày 23-25/07? Và vì sao số ca 3 ngày gần nhất tệ vậy, mà RT vẫn có xu hướng đi xuống? Chúng tôi đưa ra ba giả thiết.
Giả thiết thứ nhất: Do số ca ở một số tỉnh miền Nam được báo lên chậm gây ra sự sai lệch quỹ đạo.
Giả thiết thứ hai: Công tác truy vết ở HCM tiến triển tốt hơn trước. Lưu ý rằng chúng ta có đường màu đỏ dự báo số ca mắc mới (nhiều hơn số ca phát hiện). Số ca phát hiện trong 3 ngày 23-25/07 gần với đường màu đỏ trong kịch bản lạc quan có thể cho thấy công tác truy vết tốt.
Giả thiết thứ ba: Chỉ thị 16 được thực thi ngày 19/07 trên toàn miền Nam. Giống như những gì đã xảy ra với TP HCM, người dân các tỉnh có thể đi mua hàng tích trữ khiến RT tăng vào khoảng 5-6 ngày sau. Từ Google Mobility, chúng tôi thấy ngày này là ngày 13/07 (chứ không phải ngày 18/07 ngay trước khi giãn cách). Giống như HCM, sau khoảng 10 ngày là 23/07 thì bùng nổ số ca. Điều này tình cờ cộng hưởng đúng ngày với vòng thứ 2 của hiệu ứng trên của TP HCM.
Dựa vào phân tích trên về số ca các ngày 18/07 và 22-24/07 ở TP HCM, chúng tôi tin tưởng dữ liệu HCM. Số ca HCM cũng nhiều hơn so với các nơi khác. Các quỹ đạo RT của VN và TP HCM cũng rất giống nhau. Quỹ đạo RT của HCM xuống nhanh hơn VN nhiều. Do đó chúng tôi nghiêng về sự tổng hợp của cả hai giả thiết thứ hai và thứ ba.
Hình 0b. Google mobility - Siêu thị và hiệu thuốc cho 9 tỉnh miền Nam
4. Chúng tôi thêm dự báo cho TP HCM nhằm giúp dự báo số giường bệnh cần thiết. Từ quan sát phong tỏa ở một số nước, tham khảo một số mô hình, tham khảo Bắc Giang và Bắc Ninh (đặt spar bằng 0.9 để quan sát quỹ đạo), và quỹ đạo RT,HCM (spar = 0,8), chúng tôi đưa ra dự báo quỹ đạo RT,HCM trong 21 ngày tới. Từ đó chúng tôi có thể dự báo số ca hàng ngày. Kết quả trong Hình 1c và Bảng 1 phía dưới. Nếu dự báo đúng, dịch ở HCM sẽ đạt đỉnh trong 2 ngày tới. Tổng số ca trong 21 ngày tới là 88.751. Nếu thời gian nằm viện trung bình là 21 ngày, thì HCM cần chuẩn bị khoảng 89k giường bệnh. Số giường bệnh rất lớn nên HCM vẫn cần nỗ lực dù RT,HCM sẽ xuống dưới 1.
5. Với VN, dựa vào quỹ đạo RT,VN giảm tuyến tính về trên 0,825 trong 21 ngày tới (spar = 0,75), chúng tôi dự báo tổng số ca trong 11 ngày tới là 102.959 và tổng số ca trong 21 ngày tới là 196.392. Quỹ đạo tệ hơn quỹ đạo lạc quan tuần trước 1 chút. Kết quả trong Hình 1 và Bảng 1.
6. Với VN, chúng ta không thể loại bỏ kịch bản xấu bây giờ. Trong kịch bản xấu RT là hằng số (1,41), tổng số ca trong 21 ngày tới là 292k và tiếp tục tăng mạnh. Kết quả trong Hình 2 và Bảng 1.
Để kết thúc, chúng tôi nhấn mạnh rằng “RT < 1 trong 14 ngày liên tiếp thì ta mới bắt đầu kiểm soát được dịch bệnh”. Vì lý do này, chúng tôi tiếp tục đưa ra dự báo trong trường hợp RT là hằng số cho VN. Với chỉ thị 16+ được thực thi ở TP HCM và chỉ thị 16 được thực thi ở một số nơi, chúng tôi hi vọng tương lai sáng sủa hơn dự báo quỹ đạo tuyến tính chúng tôi đưa ra. Chúng tôi cũng hi vọng rằng những gì xảy ra ba ngày qua là do sự cộng hưởng của việc người dân mua sắm trước khi 2 chỉ thị 16 được thực hiện, thay vì kịch bản xấu xảy ra. Cuối cùng xin lưu ý rằng quỹ đạo các đường mà chúng tôi dự đoán là đường trung bình. Dữ liệu thực tế sẽ ngẫu nhiên và chạy quanh đường trung bình. Nếu kịch bản xấu thật sự xảy ra, chúng ta sẽ quan sát được nó trong vài ngày tới khi quỹ đạo hai đường lạc quan và xấu tách xa.
Đồ thị cập nhật 25/07/2021
Hình 1a. Ước lượng và dự báo cho Việt Nam (kịch bản giảm tuyến tính)
Hình 1b. Ước lượng và dự báo cho Việt Nam (kịch bản xấu)
Hình 1c. Ước lượng và dự báo cho TP Hồ Chí Minh
Bảng 1. Dự báo số ca được phát hiện trong 21 ngày tới với 2 kịch bản cho VN và 1 kịch bản cho TP HCM
Hình 2. Đồ thị cho các tỉnh/thành phố. Thứ tự các tỉnh/thành phố trước hết theo Bắc - Trung - Nam, sau đó theo bảng chữ cái.
Hình 3. Đồ thị cho 14 ngày gần nhất.
Cập nhật 14/07/2021
Dưới đây là đồ thị số ca mắc mới trong ngày và ước lượng của hệ số lây nhiễm thực cho Việt Nam và 19 tỉnh/thành phố đang có nguy cơ cao nhất. Thứ tự các tỉnh/thành phố trước hết theo Bắc – Trung – Nam, sau đó theo bảng chữ cái. Hình 3 dưới cùng là đồ thị được giới hạn cho 14 ngày gần nhất. Đường mầu đỏ trong các đồ thị là đường làm trơn RT (smoothing spline với spar là 0.5-0.6 trong ngôn ngữ R). Một số tỉnh/thành phố không có đủ dữ liệu cho đường màu đỏ. Dữ liệu được lấy từ VnExpress. Chúng tôi dùng ngôn ngữ lập trình R (miễn phí) để phân tích dữ liệu và tạo đồ thị.
Ta có một số nhận xét cho Hình 3. Ta thấy RT cho Việt Nam, Bình Dương, và thành phố Hồ Chí Minh (HCM) dao động quanh 1.5, và số ca mắc mỗi ngày lớn, nên các vùng này có nguy cơ rất cao (số ca mắc mới 4 ngày sau gấp khoảng 1.5 lần số ca mắc mới 4 ngày trước). Đồng Nai, Long An, và Tiền Giang đều có nguy cơ cao vì RT có xu hướng đi lên (chưa đủ nhiều ngày) và số ca lớn. Hà Tĩnh có dữ liệu nhỏ nên đồ thị không có nhiều ý nghĩa. RT cho Vĩnh Long lớn, nhưng dữ liệu mới có khoảng 2 tuần và số ca mấy ngày đầu quá nhỏ khiến cho khó dự đoán tình hình bây giờ.
Chúng ta có thể dự báo thô như sau. Nếu như ta không kiểm soát dịch hiệu quả khiến RT vẫn duy trì mức trên 1,5, thì số ca phát hiện trọng 4 ngày tới (15/7 đến 18/7) sẽ gấp ít nhất 1.5 lần số ca phát hiện trong 4 ngày vừa qua (11/7 đến 14/7).
Cuối cùng ta lưu ý rằng do khoảng thời gian ủ bệnh là khoảng 4 đến 5 ngày (không thay đổi nhiều cho chủng Delta), và xác suất âm tính giả khi mới mắc bệnh khá cao, cộng thêm năng lực xét nghiệm và truy vết có thể không đủ nhanh, nên số ca dương tính được phát hiện trong 4 ngày tương lai bao gồm đa số những người đã mắc bệnh 1,2. Do đó sau khi áp dụng chỉ thị 16, ta chỉ thường thấy tác dụng của nó sau ít nhất 5 ngày. Bạn có thể tìm đọc slide đính kèm trong bài viết trước để biết thêm về khoảng thời gian ủ bệnh, khoảng thời gian nối tiếp, và mối liên hệ giữa chúng.
Hình 1. Đồ thị cho Việt Nam
Hình 2. Đồ thị cho các tỉnh/thành phố. Thứ tự các tỉnh/thành phố trước hết theo Bắc – Trung – Nam, sau đó theo bảng chữ cái.
Hình 3. Đồ thị cho 14 ngày gần nhất.
Tài liệu tham khảo
1. Li, B. et al. Viral infection and transmission in a large well-traced outbreak caused by the Delta SARS-CoV-2 variant. medRxiv 2021.07.07.21260122 (2021). doi:10.1101/2021.07.07.21260122
2. Kucirka, L. M., Lauer, S. A., Laeyendecker, O., Boon, D. & Lessler, J. Variation in False-Negative Rate of Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction–Based SARS-CoV-2 Tests by Time Since Exposure. Ann. Intern. Med. 173, 262–267 (2020).
- trunght@onyx.vn -
Nguồn dữ liệu: vnexpress.net
